تشير المنهجية إلى الدراسة المنظّمة للأساليب البحثية، وهي تتراوح بين المستوى الصِّنْعي، الذي يركّز على تعليم صِنْعات (تقنيات) البحث، والمستوى الفلسفي، الذي يتناول تحليل الأساليب وتقييم آثارها ونتائجها. يؤدّي علماء المنهج دورا رئيسا في تطوير هذه الأساليب، سواء من خلال تدريسها أو مناقشة مدى فعّاليتها في دراسة الظواهر المختلفة. وتظلّ إحدى القضايا المحورية في منهجية العلوم الاجتماعية هي مدى إمكانية أو جدوى تبنّي الأساليب المستمدّة من العلوم الطبيعية في دراسة الظواهر الإنسانية والاجتماعية. فبينما يرى البعض أن استعمال أساليب القياس الكمّي والتجريبية يعزّز دقّة العلوم الاجتماعية، يعتقد آخرون أنّ هذه المقاربة قد تتجاهل تعقيد الظواهر الاجتماعية، مما يستلزم مناهج نوعية أكثر مرونة.

يقول إسماعيل راجي الفاروقي: «لم يكن المنشغل بالطبيعة الإنسانية والمجتمع من الغربيين مستعدّا للتحقّق من أنّه ليس كلّ المادّة المتعلّقة بالسلوك الإنساني يمكن ملاحظتها بالحواس، ومن ثمّ معرفة كمّها وقياسها. إنّ الظاهرة الإنسانية لا تتكوّن من عناصر مادّية خالصة، فالعناصر ذات النمط المخالف، نمط المعنويات والروحانيات تتدخّل لتتحكّم فيها بدرجة كبيرة جدّا، وهذه ليست بالضرورة مترتّبة على عناصر الطبيعة، ولا يمكن ردّها إليها، إنّها ذات استقلال ذاتي، بمعنى أنّها صحيحة في نفسها، حتّى ولو كانت عناصر الطبيعة المصاحبة تختلف معها وتطغى عليها». إسلامية المعرفة: المبادئ العامّة، خطّة العمل، الإنجازات، هيرندن: المعهد العالمي للفكر الإسلامي، 1986. ص 26. «إنّنا نستطيع أن نقول –على سبيل اليقين– إنّ مادّة علم الاجتماع، وهي عناصر سلوكية، حاملة لعنصر آخر ذي طبيعة مختلفة وهو العنصر القيمي. إنّ غض النظر عن ذلك أو تجاهله يشوّه البحث ويضير نتائجه. إنّ التعاطف معه والانفتاح على قوّته الدافعة شرط لمعرفته، وهو لذلك شرط مكمّل وضروري إذا كان للنتائج أن تكون مطابقة للواقع، وإنّ مواقف الأفراد والجماعات ومشاعرهم وآمالهم لا تتحدّث إلّا إلى مستمع متعاطف يرحّب بها والاندماج معها عاطفيا». الفاروقي، العلوم الطبيعية والاجتماعية من وجهة النظر الإسلامية، ص 26 و28.